济宁医学院拥有 3所 附属医院,其中包括2所直属附属医院和1所非直属附属医院。
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济宁医学院附属医院 (直属):三级甲等综合医院,是山东省卫生健康委员会委属的集医疗、教学、科研、预防保健、指导基层为一体的医院。该医院是济宁医学院唯一直属附属医院,并且是山东省区域医疗中心。
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济宁市第一人民医院 (非直属):三级甲等综合医院,以前是济宁市最好的医院,鲁西南第一所三甲医院。目前被济宁医学院附属医院赶超。
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枣庄市立医院 (非直属):三级甲等综合医院,即济宁医学院附属枣庄医院,是枣庄地区最好的医院。