当原告不配合司法鉴定时，法院可以采取以下措施：

1. 推定被告主张成立 ：如果原告在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，法院会推定被告鉴定的目的成立，并作出对被告有利的判决。

2. 对原告不利的认定 ：被告要求鉴定而原告不愿鉴定时，法院可根据相关法律规定，作出对原告不利的认定，即依法认定被告对这份证据的主张成立。

3. 拒绝配合的后果 ：原告无正当理由拒不提供鉴定材料，法院可以推定申请鉴定一方所主张的待鉴定案件事实成立，因为负有举证责任的一方在向法院申请鉴定并得到法院准许时，已经完成举证义务。

4. 重新鉴定 ：原告对鉴定结果有异议，可以申请重新鉴定。只要当事人提出的鉴定申请符合法定程序性要件，法院就应当批准。在必要的时候，法院会依职权提交司法部门进行鉴定。

5. 向司法行政机关投诉 ：如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，原告可以向省级司法行政部门投诉，司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理，从而使得原鉴定结论作废或者司法鉴定机构主动撤销违法的鉴定结论。

6. 其他证据 ：原告可以主动搜集其他证据推翻鉴定结论，使得鉴定结论不能作为定案证据。

7. 鉴定人员到庭质证 ：在庭审中，原告可以要求鉴定人员到庭进行质证，或者重新提出鉴定申请。在没有相反证据推翻该鉴定的情况下，并且该鉴定也合法，那么司法鉴定应当作为案件的证据。

综上所述，原告不配合司法鉴定的情况下，法院可以通过推定被告主张成立、对原告不利的认定、拒绝配合的后果、重新鉴定、向司法行政机关投诉、其他证据以及鉴定人员到庭质证等措施来处理。建议原告在诉讼过程中积极配合法院的司法鉴定工作，以免承担不利的法律后果。