居民医疗和农合医疗（新型农村合作医疗）的主要区别如下：
- 参保对象 ：
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居民医疗 ：主要针对非农业户口的居民，包括没有工作的居民和没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人。
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农合医疗 ：主要针对农村户口的居民，要求以家庭为单位整户参保。
- 保障待遇 ：
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居民医疗 ：
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报销起付线比农合医疗稍高，但在大医院的报销比例稍高一些。
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报销药品目录比农合医疗更广泛，能够提供更为充分的医疗保障。
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住院及门诊大病待遇较高，还包括特定门诊慢性病和普通门诊慢性病的报销制度。
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农合医疗 ：
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报销起付线较低，在乡镇卫生院的报销比例较高，但在市级及以上医院的报销比例较低，最高封顶也比城镇医保少。
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可报销的医药目录相对较少，主要集中在乡镇卫生院的医疗需求。
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侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
- 缴费方式 ：
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居民医疗 ：每个月都可以缴费，缴费金额和比例根据当地政策而定，最高报销比例可达70%。
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农合医疗 ：每年缴纳一次，缴费金额和比例由地方政府规定，最高报销比例为30%。
- 政府补助 ：
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居民医疗 ：政府补助标准较高，且逐步建立与经济社会发展水平相适应的稳定筹资机制。
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农合医疗 ：政府补助普遍高于城镇居民医保，但具体补助金额和比例因地区而异。
- 统筹层次和管理 ：
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居民医疗 ：整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度，实行统一的参保政策、报销待遇和报销流程。
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农合医疗 ：由地方政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
综上所述，居民医疗和农合医疗在参保对象、保障待遇、缴费方式、政府补助以及统筹层次和管理等方面均存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险类型，以确保获得适当的医疗保障。