农村合疗（新农合）和城乡居民医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象与范围 ：
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新农合 ：主要针对农村户口的居民，要求以家庭为单位整户参保。
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城乡居民医保 ：覆盖更广泛的范围，包括城镇和农村户口的居民，是整合了新农合与城镇居民医疗保险后的制度。
- 报销比例与范围 ：
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新农合 ：报销比例在10%-80%不等，可报销的药品目录相对较少，市级及以上医院的平均报销比例低于城乡居民医疗保险。在乡镇卫生院就医时，报销比例较高，起付线较低。
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城乡居民医保 ：报销比例通常为85%（根据不同等级医院而定），报销药品范围更广，能够为参保居民提供更为充分的医疗保障。
- 保障内容与侧重点 ：
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新农合 ：主要侧重于保障农民在乡镇卫生院的医疗需求，门诊待遇水平相对较高。
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城乡居民医保 ：主要保障住院和门诊大病，兼顾普通门诊，因此其住院及门诊大病待遇要高于新农合。
- 管理部门 ：
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新农合 ：在多数地方由卫生部门进行管理。
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城乡居民医保 ：主要由人力资源和社会保障部门负责管理和运作。
- 缴费方式与标准 ：
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新农合 ：采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金，每年缴纳一次。
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城乡居民医保 ：缴费标准统一，通常每个月都可以缴费，最高报销70%。
- 异地报销问题 ：
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新农合 ：异地报销比例可能较低，具体比例取决于是否经过转诊。
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城乡居民医保 ：如果没有经过参保地医院转诊转院，直接跨地区就医的话，医保报销比例大概砍掉20%。
综上所述，新农合和城乡居民医保在参保对象、报销比例与范围、保障内容与侧重点、管理部门、缴费方式与标准以及异地报销问题等方面均存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医保类型，以确保获得充分的医疗保障。