合作医疗和职工医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖对象 ：
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职工医保 ：面向城镇所有用人单位及其职工，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位等。
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合作医疗 （新农合）：主要针对农村户口的居民，必须以家庭为单位整户参加。
- 缴费主体 ：
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职工医保 ：由用人单位和职工共同缴纳医疗保险费，个人缴费比例通常为2%，用人单位缴费比例通常为8%至10%。
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合作医疗 ：由农民个人、集体和政府多方筹资，个人缴纳为主，政府给予一定补贴。
- 缴费方式 ：
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职工医保 ：按月缴纳，费用从工资中扣除，单位和个人共同承担。
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合作医疗 ：每年缴纳一次，农民自愿参加，政府补贴一部分。
- 保险期限 ：
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职工医保 ：累计交满25年可以享受终身医保待遇。
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合作医疗 ：保险期限为一年，每年交一次，断了就没有了。
- 报销比例和范围 ：
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职工医保 ：报销比例高达95%，覆盖范围包括门诊、住院、购药等费用，报销限额较高，可达30万元甚至更高。
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合作医疗 ：报销比例一般在50%至70%之间，主要集中在住院医疗费用，报销限额相对较低，一般为十几万元。
- 管理和服务机构 ：
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职工医保 ：由社会保险行政部门管理，通常拥有更完善的服务网络，包括各类大中型医院。
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合作医疗 ：可能由当地的卫生行政部门或者农村合作经济组织管理，侧重于基层医疗卫生服务，如乡镇卫生院和村卫生室。
综上所述，职工医保和合作医疗在覆盖对象、缴费主体、缴费方式、保险期限、报销比例和范围以及管理和服务机构等方面存在显著差异。职工医保更注重全面的医疗保障，而合作医疗则更强调农村和城镇居民的互助共济。建议根据个人所在地区和就业情况选择合适的医疗保障制度。