灵活医保和新农合的主要区别体现在以下几个方面：
- 使用范围 ：
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灵活就业医保 ：可以用于挂号、看病就医、药店买药、住院治疗报销等，使用范围较广。
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新农合 ：目前多个城市只有住院才可以报销，少数看病就诊也可以报销，使用范围相对较窄。
- 参保对象 ：
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灵活就业医保 ：主要针对未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员，以及其他就业人员和个体工商户等。
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新农合 ：主要针对农村户籍居民及流动人口。
- 缴费标准 ：
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灵活就业医保 ：缴费标准相对较低，通常按照收入的一定比例确定，例如北京市为月收入的1.5%。
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新农合 ：缴费标准也相对较低，一般按照收入的一定比例或固定金额缴纳，例如北京市为月收入的3%。
- 报销比例 ：
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灵活就业医保 ：报销比例较高，一般在70%—90%之间。
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新农合 ：报销比例较低，一般在50%—70%之间，且在不同地区有所差异。
- 报销标准 ：
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灵活就业医保 ：报销的起付线较高，但报销额度也较大。
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新农合 ：报销的起付线、封顶线较低。
- 参保期限 ：
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灵活就业医保 ：参保期限灵活，可根据需求选择不同时间段。
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新农合 ：参保期限较为固定，通常按年度计算。
- 其他 ：
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灵活就业医保 ：可以异地就医，且累计缴满25年之后还可以终身享受医保待遇。
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新农合 ：没有交费年限，需要一直缴费才能享受报销。
建议
选择哪种医疗保险制度应根据个人的经济情况、就业状况和医疗需求来决定。如果经济条件允许，建议选择灵活就业医保，因为其报销比例高、报销范围广，且有终身享受医保待遇的优势。如果经济条件有限，新农合也是一个不错的选择，尽管其报销比例较低，但缴费金额也较少，且覆盖整个家庭。