如果参保人在两地都缴纳了社会基本医疗保险，可以通过以下步骤将医保关系合并：
- 开具缴费凭证 ：
- 参保人需要到原参保地社保机构开具《基本养老保险参保缴费凭证》。
- 申请接续关系 ：
- 参保人持缴费凭证、户口、身份证等相关材料到新就业地社保机构申请接续关系。
- 审核申请 ：
- 新就业地社保机构在15个工作日内审核申请人是否符合条件。
- 办理转移手续 ：
- 原参保地社保机构在收到《联系函》后15个工作日内，将清理申请人的参保缴费是否有欠费并办理养老保险基金划转，终止申请人在当地的参保关系，向新参保地发出《基本养老保险关系转移接续信息表》。
- 办结手续 ：
- 新参保地社保机构在收到《信息表》和转移基金后15个工作日内办结相关手续。
此外，如果参保人同时参加了职工医保和居民医保，需要按照“先转后清”的原则，由转入地经办机构负责按规定清理重复缴费部分。
建议
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及时办理 ：尽快联系两地的医保机构，说明重复缴纳的情况，并按照规定的流程办理合并手续，以避免重复缴费带来的不必要的损失。
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咨询专业人士 ：如果对流程不熟悉，可以咨询当地社保部门或相关专业人士，以获得更详细的指导和帮助。
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保留相关证据 ：在办理过程中，保留好所有相关的缴费证明、参保证明等材料，以备不时之需。