农村医疗保险（新农合）和城镇医疗保险（包括城镇职工医疗保险和城镇居民医疗保险）之间存在以下主要区别：
- 覆盖人群不同 ：
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农村医疗保险主要面向农村居民，包括农业户口的居民。
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城镇医疗保险主要面向城镇户口的居民和未参加城镇职工医疗保险的城镇居民。
- 管理部门不同 ：
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农村医疗保险多数地方由卫生部门管理。
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城镇医疗保险主要由人社部门管理。
- 购买方式不同 ：
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农村医疗保险由农村户口的居民个人缴纳，政府给予一定的财政补贴。
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城镇医疗保险由职工所在单位和职工个人共同承担，或者由城镇居民个人缴纳。
- 报销比例和范围不同 ：
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城镇医疗保险的报销比例通常较高，尤其是在住院费用报销上，能够减轻职工较大的经济负担。
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农村医疗保险的报销比例相对较低，但近年来也在不断提升和完善。报销范围方面，城市医保总体上相对更广泛，特别是在一些高端医疗服务、先进的诊疗技术和进口药品的报销上。
- 保障待遇侧重点不同 ：
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城镇医疗保险主要保障住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊。
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农村医疗保险在乡镇医院报销比例较高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封底也比城镇医保少。
- 账户拥有情况不同 ：
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城镇职工医保拥有统筹账户和个人账户，个人账户用于医保报销后的小额支出。
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城乡居民医保只有统筹账户。
- 政府补助资金不同 ：
- 农村医疗保险的政府补助普遍高于城镇居民医疗保险。
- 缴费标准不同 ：
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农村医疗保险的缴费标准相对较低，通常为每年100元-1200元，以百递增分为12个档次。
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城镇医疗保险的缴费标准通常高于农村医疗保险，尤其是城镇职工医疗保险。
综上所述，农村医疗和城镇医疗在参保对象、管理部门、购买方式、报销比例和范围、保障待遇侧重点、账户拥有情况、政府补助资金以及缴费标准等方面存在明显差异。这些差异反映了城乡二元结构的历史遗留问题，也在一定程度上影响着不同群体的就医体验和医疗保障水平。