新农合（新型农村合作医疗制度）的住院报销和门诊报销在多个方面存在区别，主要包括以下几个方面：
- 报销比例 ：
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住院报销比例 ：
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在镇卫生院就诊，医疗费用的报销比例可达60%。
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在二级医院就诊，报销比例降至40%。
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在三级医院就诊，报销比例只有30%。
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门诊补偿比例 ：
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在村卫生室就诊，可获得60%的补偿。
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在镇卫生院是40%。
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在二级医院和三级医院分别为30%和20%。
- 报销范围 ：
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住院报销范围 ：通常包括住院期间的诊疗费用、手术费用、药品费用、护理费用等。
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门诊报销范围 ：包括日常的医疗服务，如普通就诊、药品费用等，对于慢性病的治疗费用，如肾透析、恶性肿瘤门诊放化疗等，也能按规定报销。
- 报销限额 ：
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住院报销限额 ：通常较高，以满足患者长期治疗的需要。
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门诊报销限额 ：相对较低，普通门诊每人每年最高支付限额为160元。
- 自付比例 ：
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住院自付比例 ：患者在住院期间需要自付一定比例的费用，具体比例根据医院等级和费用情况而定。
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门诊自付比例 ：相对较低，但在门诊特殊病（门特）和急诊费用方面，个人承担的费用比例可能会有所不同。
- 报销流程 ：
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住院报销流程 ：参保农民在市内定点医疗机构住院治疗的，凭合作医疗证、卡和户口本预交一定额度的押金后，办理住院手续，出院时只结清自付部分，补偿部分由定点医疗机构垫付。
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门诊报销流程 ：参保患者持合作医疗证到定点医疗机构就医，凭检查、治疗处方到门诊收费处划价收费，自行支付门诊医疗费用，然后到门诊一楼新农合窗口审核、报销并领取报销款。
- 特殊药品报销 ：
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住院特殊药品 ：某些特殊药品在住院期间可能得到报销。
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门诊特殊药品 ：某些特殊药品在门诊可能不在报销范围内。
综上所述，新农合的住院报销和门诊报销在报销比例、报销范围、报销限额、自付比例、报销流程以及特殊药品报销等方面存在明显的区别。建议参保农民根据自身情况选择合适的医疗机构就诊，并了解相关报销政策，以便最大限度地享受医保待遇。
