医保和农村合作医疗的主要区别体现在以下几个方面：
- 适用范围 ：
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医保 ：适用于城镇职工和城乡居民。
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农村合作医疗 ：主要适用于农村居民。
- 缴费方式 ：
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医保 ：缴费主要由职工和用人单位共同缴纳，城乡居民可以单独缴纳或政府给予补贴。
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农村合作医疗 ：缴费主要由农村居民个人缴纳，政府也会给予一定程度的补贴。
- 报销比例 ：
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医保 ：报销比例较高，一般可以报销60%以上的医疗费用。
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农村合作医疗 ：报销比例相对较低，一般只能报销50%左右的医疗费用。
- 报销范围 ：
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医保 ：报销范围相对较广，可以报销的医疗费用种类较多，包括门诊和住院的医疗费用、药品费用、医疗器械费用等。
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农村合作医疗 ：报销范围相对较窄，只能报销一些基本的医疗费用。
- 其他差异 ：
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包含项目 ：医保除了医疗保险外，还包括养老、失业、工伤和生育保险；而农村合作医疗主要涵盖医疗保险。
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缴费主体 ：医保是城镇职工缴纳的，农村合作医疗是农民缴纳的。
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退休年龄 ：城镇职工医保在到达退休年龄，满足当地医保退休年限要求后，可以医保退休，终身免费享受医保待遇；农村医保没有退休政策，终生缴费。
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账户设置 ：医保有个人医保账户，而农村合作医疗没有个人医保账户。
综上所述，医保和农村合作医疗在适用范围、缴费方式、报销比例和范围等方面存在明显的差异。医保适用于城镇职工和城乡居民，缴费由个人和单位共同承担，报销比例高且范围广；而农村合作医疗主要服务农村居民，个人缴费，报销比例低且范围窄。