职工医疗保险与农村合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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职工医疗保险是用人单位为在职职工提供的医疗保障，包括企业、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工。
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农村合作医疗（新农合）的参保对象主要是当地的村民，需要具有农村户口。
- 缴费主体 ：
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职工医疗保险由用人单位和个人共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗由农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费方式 ：
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职工医疗保险需要缴纳时间达到一定的年限（一般需要连续缴纳六个月），用户才可享受报销待遇。
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农村合作医疗是农民自愿参加，需要每年办理参保缴费手续。
- 报销比例 ：
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职工医疗保险的报销比例较高，一般能报到70%甚至90%以上，特别是在一些小病住院的时候，报销得更多。
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农村合作医疗的报销比例相对较低，大概在50%到70%之间，且报销比例会因医院级别不同而有所差异，在乡镇的小卫生院住院报销比例较高，到大城市的三甲大医院报销比例则较低。
- 报销限额 ：
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职工医疗保险一年能报的钱较多，几十万甚至更高，因此生了大病也不用太担心钱不够报。
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农村合作医疗的报销限额较低，一般十几万元左右，若得了特别严重的病，可能到后面就没法再报了。
- 就医方便性 ：
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职工医疗保险在定点医院看病报销比例最高，其他医院报销比例会降低，且就医相对方便。
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农村合作医疗在农村基层乡镇医院报销比例最高，到市级以上医院报销比例相对较低，就医可能不如职工医疗保险方便。
综上所述，职工医疗保险与农村合作医疗在参保对象、缴费主体、缴费方式、报销比例、报销限额和就医方便性等方面存在显著差异。职工医疗保险更适合城镇在职职工，报销比例和限额较高；而农村合作医疗更适合农村居民，缴费较低，但报销比例和限额也相应较低。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险。