农村合作医疗和社保卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 缴纳费用 ：
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农村合作医疗（新农合）的缴纳费用相对较低，一年几百元。
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社保的缴纳费用较高，一年几千甚至上万。
- 包含项目 ：
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农村合作医疗主要包含医疗保险。
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社保除了包含医疗保险外，还包括养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗由参保人个人负担全部费用。
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社保由职工和公司共同承担费用。
- 管理系统 ：
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新农合由卫生局管理。
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城镇医保属于社保系统管理。
- 报销方式 ：
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新农合的报销通常需要在特定时间内一次性支付所有保费，且只能在本地基层医疗机构使用，无法随时刷卡。
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社保的报销更为灵活，可以在各个区域随时进行，跨区域看病需要先备案，自费后再报销。
- 参保对象 ：
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新农合主要针对农村户口的农村居民。
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社保主要针对有正式工作的职工。
- 安全系数 ：
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社保卡具有较高的安全系数，采用全国统一的三层密钥管理体系。
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医保卡的安全系数相对较低。
- 其他功能 ：
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社保卡除了医疗保险功能外，还具备金融功能，如领取失业金、养老金等。
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医保卡仅包含医疗保险内容。
综上所述，农村合作医疗和社保卡在缴纳费用、包含项目、缴费方式、管理系统、报销方式、参保对象、安全系数以及其他功能等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险类型，以确保获得全面的保障。