农村合作医疗（简称新农合）与社保卡的区别主要体现在以下几个方面：
- 缴纳费用 ：
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农村合作医疗的缴纳费用相对较低，一年几百元。
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社保的缴纳费用较高，一年几千甚至上万。
- 包含项目 ：
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农村合作医疗仅包含医疗保险。
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社保包含医疗保险、养老保险、失业保险、工伤保险和生育保险，即五险。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗由参保人个人负担全部费用。
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社保由职工和用人单位共同承担费用。
- 管理系统 ：
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农村合作医疗由卫生局管理。
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社保由社保系统管理。
- 报销方式 ：
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农村合作医疗的报销通常需要在参保人所在的县区基层医疗机构使用，无法像社保卡一样随时刷卡。
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社保的报销更为灵活，可以在各个区域随时进行，跨区域看病需要先备案，再自费后报销。
- 功能 ：
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社保卡除了具有医疗保险功能外，还具备金融功能，如领取失业金、养老金等。
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医保卡仅包含医疗保险功能，不能像社保卡一样具备其他金融功能。
- 参保人群 ：
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农村合作医疗主要面向农民，只有农村户口才能办理。
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社保针对有正式工作的员工，由职工和公司一起缴纳。
- 保障期限 ：
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农村合作医疗是交一年保一年，不累计缴费年限。
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社保中的医疗保险，参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
综上所述，农村合作医疗和社保卡在缴纳费用、包含项目、缴费方式、管理系统、报销方式、功能、参保人群和保障期限等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的保险类型，以获得更全面的保障。