农村合作医疗和医保的主要区别体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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农村合作医疗 ：专门为拥有农村户口的人群设立，必须以家庭为单位整户参加。
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医保 ：广泛覆盖城镇所有单位和职工，包括在职职工和灵活就业人员。
- 缴费方式 ：
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农村合作医疗 ：每年缴纳一次费用，由农民个人承担。
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医保 ：单位和个人共同缴纳，缴费方式和标准根据单位和个人的实际情况而定，更为灵活。
- 保障力度 ：
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农村合作医疗 ：基金筹措有限，保障水平相对较低，主要解决农民因病致贫、因病返贫的问题。
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医保 ：旨在实现“低水平，广覆盖”，确保参保人员能享受到基本的医疗保障，并逐步向更高水平的保障靠拢。
- 报销比例和范围 ：
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农村合作医疗 ：报销比例较低，范围主要集中在住院费用上，且在大病保障方面相对较弱。
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医保 ：报销比例较高，覆盖范围更广，包括门诊、住院和指定药店购买药品的费用，并且在大病保障方面相对较好。
- 管理主体 ：
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农村合作医疗 ：多数地方由卫生部门管理。
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医保 ：主要由人力资源和社会保障部门（人社部门）管理。
- 其他差异 ：
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有无个人医保账户 ：农村合作医疗没有个人医保账户，而医保有个人医保账户。
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缴费年限及退休政策 ：医保要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇，而新农合是交一年保一年。
综上所述，农村合作医疗和医保在参保对象、缴费方式、保障力度、报销比例和范围、管理主体等方面存在显著差异。建议根据自身情况选择合适的医疗保险制度，以获得更全面的医疗保障。