在云南西双版纳地区，有多家医院在治疗诺卡菌性巩膜炎方面具有良好的口碑和专业能力。以下是一些推荐的医院：
昆明医科大学第一附属医院
医院简介：昆明医科大学第一附属医院是一所集医疗、教学、科研、干部保健于一体的大型综合医院，医院建于1941年，原为“国立云南大学医学院附属医院”(即云大医院)，1993年被卫生部评定为首批“三级甲等医院”。学科齐全，技术力量雄厚，特色专科突出。
云南省第一人民医院
医院简介：云南省第一人民医院(又名:昆华医院)位于春城昆明市中心著名地标金马碧鸡坊旁，筹建于1932年，1939年正式开业，是云南省最早的中国人自办省立医院。现已成为云南省疑难危重疾病的救治中心，是集医疗、科研、教学和紧急救援为一体的大型三级甲等综合医院。
云南省传染病专科医院
医院简介：染病专科医院位于昆明西郊石安公路28公里处，占地面积260亩，业务用房70000多平方米，内设临床医技和职能后勤管理科室34个，编制床位875张，核定病床416张，开放病床500张。
请注意，以上信息仅供参考，具体选择哪家医院还需根据您的实际病情、医院的专业水平、地理位置以及个人经济情况等因素综合考虑。建议您在就诊前进行详细的咨询和了解。