云南昆明治疗先天性小眼球合并眼眶囊肿的医院排名中，云大医院、昆明医学院第二附属医院和云南省中医院是当地较受认可的选择，其中云大医院凭借三甲资质、多科室协作及高综合评分位居前列。
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云大医院
作为三甲综合医院，云大医院拥有360个科室和1421位医生，针对眼眶寄生虫囊肿（含先天性小眼球合并症）提供多学科联合诊疗。其综合评分达933分（满分1000），地址位于昆明市西山区西昌路295号，患者可通过线上平台预约挂号。 -
昆明医学院第二附属医院
同为三甲医院，该院在眼眶囊肿治疗领域有1369条患者评价，综合评分631分。虽医生数量略少（1247位），但专科经验丰富，地址位于滇缅大道374号，支持在线咨询与挂号。 -
云南省中医院
若需中西医结合治疗，可考虑云南省中医院。其特色在于传统疗法辅助术后恢复，尤其适合儿童或需长期调理的患者，具体科室资源需进一步咨询。
：先天性小眼球合并眼眶囊肿需根据病情复杂程度选择医院，建议优先考虑三甲医院的眼科或颅面外科，并结合实际距离与医生专业方向综合评估。