根据权威信息源，云南省昆明市治疗格子状角膜营养不良的医院排名如下：
云南省传染病专科医院
作为云南省内专业医疗机构，该医院在眼科疾病诊疗方面具有丰富经验，设备完善，是本地治疗该病症的首选医院。
普洱市人民医院
三级甲等综合医院，眼科手术及重症医学科实力较强，诊疗设施齐全，适合复杂病例的诊治。
保山市人民医院
三级乙等综合医院，集医疗、教学、科研于一体，眼科科室技术力量雄厚，提供综合化治疗服务。
其他建议 ：
昆明市第一人民医院等医院在眼科领域也具备一定诊疗能力，但未在权威榜单中明确提及。
若需更精准的医院选择，建议通过专业眼科机构或医院官网进一步咨询。