以下是北京治疗肠道疾病较好的三甲医院：

1. 北京中医药大学东直门医院东区 ：该医院疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验，并且针灸推拿科为北京特色专科。

2. 首都医科大学附属北京佑安医院 ：以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备，口碑很好。

3. 解放军307医院 ：在肠疾病治疗方面有着丰富的经验，且整体医疗水平较高。

4. 陆军总医院 ：医疗设施完善，拥有丰富的临床经验。

5. 304医院 ：疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验。

6. 中国中医科学院西苑医院 ：中医特色突出，诊疗优势明显，在国内国际具有较大影响力。

7. 中国中医科学院望京医院 ：疾病医疗设施齐全，在疾病治疗方面有着丰富的经验。

8. 首都医科大学附属北京地坛医院 ：主要承担除结核病以外的39种法定传染病的诊治、研究，国家肝病、艾滋病临床药物验证基地设在这里。

9. 北京大学人民医院 ：在2021复旦版医院专科榜中胃肠外科排名第9。

10. 北京协和医院 ：在治疗肠胃疾病方面具有较高的声誉，拥有先进的诊疗设备和经验丰富的专家团队。

这些医院在肠道疾病治疗方面都有较高的声誉和经验，建议根据具体病情和需求选择合适的医院进行就诊。