异地就医备案和不备案主要存在以下区别：
医保报销比例
备案：跨省异地长期居住人员备案的报销比例通常与参保地保持一致。例如，某职工医保参保地在江西，若在参保地的基层医疗机构就医，报销比例可达95%，通过此类备案方式在广东的基层医疗机构就医，其报销比例同样为95%。
不备案：未办理异地就医备案直接在市域外就医的，符合基本医疗保险支付范围的医疗费用，先由个人自付20%后，统一按三级医疗机构比例报销。
就医流程
备案：参保人需先办理异地就医备案登记，选择就医地、参保险种、备案类型等信息，并提交相应的备案材料。备案成功后，持医保电子凭证或社会保障卡等有效凭证，在就医地已开通异地联网结算的医疗机构就医，可直接结算医疗费用。
不备案：未备案的参保人员在异地就医时，不能直接结算医疗费用，需自行垫付全部医疗费用，再回到参保地医保经办机构进行手工报销，报销流程相对复杂，需要审核，花费的时间长，而且最终的报销比例也不一定能达到原参保地的报销比例。
备案方式
线上备案：参保人员可以通过国家医保服务平台APP、国家异地就医备案小程序等线上渠道进行备案。以国家医保服务平台APP为例，点击“在线办理”-“异地备案”，选择备案类型，阅读备案告知书，提交备案材料，即可完成备案申请。
线下备案：参保人员也可以携带有效身份证件、医保电子凭证或社会保障卡及其他所需材料，到参保地属地医保经办窗口进行线下备案。
备案有效期
备案：跨省异地长期居住人员备案有效期由参保人自行设定，6个月内不得取消；其他跨省临时外出就医人员备案有效期为6个月，可随时取消。备案有效期内可在备案地多次就诊并享受直接结算服务。
不备案：未备案的参保人员在异地就医时，不存在备案有效期的问题，但需要在就医后及时回参保地办理手工报销手续。
备案材料和手续
备案：跨省异地长期居住人员需提供有效身份证件或医保电子凭证或社会保障卡，以及异地安置退休人员需提供居民户口簿或个人承诺书，异地长期居住人员需提供居住证或个人承诺书，常驻异地工作人员需提供参保地工作单位派出凭证或异地工作劳动合同或个人承诺书等。跨省临时外出就医人员需提供有效身份证件或医保电子凭证或社会保障卡。
不备案：未备案的参保人员在异地就医时，不需要提交任何备案材料和办理备案手续，但需要自行承担全部医疗费用，再回参保地进行手工报销。