新疆博尔塔拉地区治疗巨乳头性结膜炎的医院推荐如下：
博尔塔拉蒙古自治州丽人妇幼医院
该医院以“救死扶伤，医者仁心”为理念，提供临床路径管理以规范医疗行为，提升服务质量。虽未明确提及结膜病专科，但综合医疗水平较高，可优先考虑。
新疆生产建设兵团第五师医院
作为三级甲等综合医院，科室设置完善，医生资源丰富。虽搜索结果未直接提及结膜病治疗，但三甲医院通常具备更强的诊疗能力，可咨询医院眼科或结膜病专科。
博尔塔拉蒙古自治州人民医院
二级综合医院，科室数量多（56个），医生团队规模大（149人）。建议通过医院官网或官方渠道核实结膜病相关科室的诊疗水平。
建议 ：
优先联系医院眼科或结膜病专科，确认科室设置及专家资质；
可通过医院官网、官方电话或第三方平台（如中华康网、手机名医汇）获取最新信息。