根据权威信息，云南普洱市治疗线粒体脑肌病的优质医院推荐如下：
普洱市人民医院
作为普洱市唯一跻身国家三级公立医院绩效监测“A”档的综合性医院，该院在医疗质量、运行效率及患者服务方面表现突出，具备治疗线粒体脑肌病的综合实力。
普洱市第二人民医院
同样位列国家三级公立医院绩效监测“A”档，与普洱市人民医院共同构成普洱市医疗体系的核心力量，可提供线粒体脑肌病诊疗服务。
其他参考建议 ：
昆明医科大学第一附属医院、云南省第一人民医院等昆明市医院在全省范围内线粒体肌病治疗领域具有较高声誉，但地理位置较远，建议根据实际需求权衡。
普洱新曙光医院虽为本地知名医疗机构，但其重点科室为男科，与线粒体脑肌病治疗关联度较低。
建议优先选择普洱市人民医院或第二人民医院，并提前咨询医院相关科室的诊疗能力。