是的，吉林大学第三医院就是中日联谊医院，这两个名称指的是同一所医院。
背景信息
历史渊源
吉林大学第三医院（现称吉林大学中日联谊医院）的前身是1949年成立的中国人民解放军“长春医科大学外科学院”，后发展为白求恩医科大学第三临床学院。2000年，白求恩医科大学并入吉林大学，该医院随之更名为吉林大学第三医院。中日联谊医院的由来
在中日邦交正常化后，为了纪念这段历史并促进中日友好关系，日本政府无偿捐助了价值26亿日元的先进医疗设备，吉林省政府和长春市政府也参与建设。为了纪念这一合作，医院被命名为“中日联谊医院”，同时在吉林大学内部也被称为“第三临床医院”。医院现状
吉林大学中日联谊医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性三级甲等医院。医院设有多个院区，包括中心院区、新民院区、南湖院区和北湖院区，拥有2927张编制床位，配备先进医疗设备，是吉林省重要的医疗和教学机构。
总结
吉林大学第三医院与中日联谊医院是同一所医院，其名称的由来与中日友好合作的历史背景密切相关。这所医院不仅承担着重要的医疗职责，还通过其历史和教育使命传承了白求恩精神，成为吉林省医疗体系中的重要组成部分。