合作医疗的门诊费用在第二年是否会清零，取决于具体的政策规定和地区的实施细则。以下是不同地区和不同情况下的处理方式：
门诊统筹基金
不结转：在一些地区，如江西省，城乡居民医保的门诊统筹基金不设起付线，政策范围内报销比例稳定在50%左右，但年度内累计最高支付限额为430元，且门诊统筹基金不累计、不结转。
结转：部分地区规定，如果参保人当年没有使用完门诊统筹基金，剩余部分可以结转到下一年继续使用。
个人账户
清零：在某些地区，如河南省卫辉市，合作医疗个人账户资金在年底自动归零。
不清零：自2018年起，农村合作医疗开设了个人社保账号，并办理了社保卡，这意味着农村合作医疗费用当年有剩余的话，可以结转到下一年继续使用。
特殊情况
连续参保激励：自2025年起，连续参加居民医保满4年，之后每连续参保1年，可享受连续参保激励，每年可提高大病保险最高支付限额不低于1000元，具体标准由各省制定。如果中断参保，前期连续参保积累的年限自动清零，再参加居民医保时，年限需要重新计算。
基金零报销激励：自2025年起，参加居民医保的群众，如果当年没有使用过包括门诊、住院在内的所有医疗费用的医保基金报销，那么可以在下一年度适当提高城乡居民大病保险的最高支付限额，同样也是每年提高不低于1000元，具体标准由各省份制定。
综上所述，合作医疗第二年门诊费用是否会清零，需要根据当地的医保政策和具体的实施细则来确定。建议您咨询当地的医保部门或查阅相关的政策文件，以获取最准确的信息。