合作医疗并非完全不报销门诊费用，只是在一些情况下存在限制或不报销，原因主要有以下几点：
历史原因
制度设计初衷：合作医疗制度最初的设计重点是解决农民因病致贫、因病返贫的问题，优先保障住院医疗费用，因为住院往往意味着病情较重，医疗费用较高，对家庭经济的冲击更大。而门诊费用相对较低，且病情较轻，所以最初并未将门诊报销作为主要保障内容。
政策差异
地区政策不同：不同地区的医保政策存在差异，有些地区的合作医疗（如城乡居民医保）已经逐步开展了普通门诊报销，但报销范围、报销比例和起付线等规定各不相同。例如，2025年部分地区规定参保居民在门诊统筹定点医疗机构发生的普通门诊医疗费用可报销，乡级医疗机构和村卫生室不设起付线，报销比例稳定在50%左右。
险种区别：职工医保和居民医保在门诊报销政策上也有所不同。一般来说，职工医保的门诊报销范围和待遇相对较好，而居民医保的门诊报销政策则因地区而异，有些地区可能报销范围较窄或报销比例较低。
医保基金压力
基金总量有限：医保基金的总量是有限的，需要在住院、门诊、慢性病等多个方面进行分配。如果过多地用于门诊报销，可能会导致住院报销等其他方面的保障力度不足。因此，需要在基金使用上进行平衡和权衡。
门诊费用难以控制：门诊医疗服务具有高频次、分散性强的特点，医保部门对门诊费用的审核和监管难度较大。如果全面放开门诊报销，可能会导致一些不合理的医疗行为和费用的增加，从而加重医保基金的支付压力。
医疗服务管理
门诊管理难度大：门诊医疗服务的提供相对较为分散，医疗机构众多，管理难度较大。医保部门难以对每一笔门诊费用进行严格的审核和监督，容易出现虚假报销、过度医疗等问题。相比之下，住院医疗服务的管理相对集中，审核和监督的难度较小。
引导合理就医：通过设置门诊报销的限制，可以引导参保人员合理选择医疗服务，避免一些不必要的门诊就医行为，促进医疗资源的合理利用。
个人账户取消
新农合个人账户取消：以前新农合有个人账户，农民可以用个人账户里的钱在药店、门诊直接买药。但现在新农合个人账户取消了，交的所有费用都不能直接用来买药，导致一些人误以为门诊看病完全不报销了。实际上，现在新农合有门诊统筹，只是农民不能直接看到金额，而且只能在门诊看病用。
未来趋势
门诊报销范围扩大：随着医保制度的不断完善和发展，国家已经明确表示要普遍开展门诊慢性病和特殊疾病保障，对部分疾病参照住院待遇进行管理；普遍建立普通门诊统筹，将参保人普通门诊费用纳入统筹基金支付范围，报销比例从50%起步。未来，合作医疗的门诊报销范围和待遇有望进一步扩大和提高。