全国在甲状腺疾病治疗方面表现突出的医院主要有以下几家：

1. 北京协和医院 ：作为国内医学界的“领头羊”，北京协和医院在内分泌科领域长期保持领先地位，尤其在疑难甲状腺疾病的诊治方面拥有权威的专家团队和先进的技术支持。

2. 中国人民解放军总医院（301医院） ：解放军总医院以综合实力见长，其内分泌科在多学科联合诊疗（MDT）方面表现出色，以精准、高效的治疗方案赢得了患者和业内的高度认可。

3. 天津医科大学总医院 ：天津医科大学总医院内分泌科在糖尿病及其并发症的研究和治疗上具有独到优势，同时也在肥胖症的代谢手术领域取得了显著成绩。

4. 成都西部甲状腺医院 ：作为西南地区一家大型专治甲状腺疾病的专科医院，成都西部甲状腺医院在全国甲状腺专科医院排名靠前，特聘了多位具有丰富临床经验的医师，擅长诊治多种甲状腺疾病。

5. 北京丰台广济医院 ：位于北京市丰台区，这家医院在华北地区非常擅长治疗甲状腺疾病，拥有众多知名的中医医师，口碑和技术都得到了患者的广泛认可。

6. 杭州中西医结合甲状腺医院 ：多年来一直坚持名医兴院战略，汇集了一大批学术及临床资深医生，凭借深厚的理论知识和丰富的临床经验，为患者解除疾病困扰。

7. 华东医院 ：作为一所立足上海、面向国内外的三级甲等综合性医院，华东医院内分泌科在甲状腺结节等内分泌科疾病治疗方面有着丰富的经验。

这些医院在甲状腺疾病治疗方面都有各自的优势和特色，建议患者根据自身情况和地理位置选择合适的医院进行治疗。