重庆医科大学附属第二医院（简称“重庆附二医院”）在多个医学领域都有很强的综合实力，以下是一些尤为擅长的科室：
内科
心血管内科：是国家临床重点专科，擅长各种心血管疾病的诊断和治疗，包括冠心病、心律失常、心力衰竭、高血压等。在心血管介入治疗方面具有丰富的经验和技术优势，如冠状动脉介入治疗、心脏起搏器植入、心律失常的射频消融术等。
呼吸内科：作为国家临床重点专科，对呼吸系统疾病的诊治水平很高，如慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘、肺部感染、肺结节、肺癌等。在呼吸介入治疗、肺功能检测、睡眠呼吸障碍的诊断和治疗等方面有突出表现。
肾内科：国家临床重点专科，擅长各种原发性和继发性肾小球疾病、肾小管间质疾病、肾血管疾病以及急慢性肾功能衰竭的诊断和治疗。在血液透析、腹膜透析、肾移植术后管理等方面有丰富的经验。
血液内科：在血液系统疾病的诊治方面具有很高的水平，尤其是对白血病、淋巴瘤、骨髓瘤、血友病等疑难血液疾病的诊断和治疗。开展了造血干细胞移植技术，包括自体造血干细胞移植和异体造血干细胞移植，对血液肿瘤疾病的治疗效果显著。
感染病科：国家级重点学科，对各种感染性疾病有深入的研究和丰富的临床经验，如病毒性肝炎、细菌性感染、真菌感染、寄生虫感染等。在感染性疾病的诊断、治疗和预防方面处于国内先进水平。
外科
肝胆外科：是重庆市重点学科，对肝胆胰脾疾病的外科治疗有丰富的经验，擅长肝癌、肝硬化门静脉高压症、胆道肿瘤、胰腺肿瘤等疾病的外科手术和腹腔镜微创手术治疗。在肝脏移植、肝门部胆管癌的手术治疗、肝胆管结石的微创治疗等方面处于国内领先水平。
神经外科：在脑血管疾病、颅内肿瘤、脊髓疾病等的诊断和治疗方面具有很高的水平。开展了颅内动脉瘤、脑血管畸形的显微手术及介入手术，颅内肿瘤及椎管肿瘤的显微手术，以及面肌痉挛、三叉神经痛等疾病的微血管减压术等。
泌尿外科：擅长泌尿系统肿瘤、结石、前列腺疾病等的微创手术治疗。在腹腔镜技术、经皮肾镜碎石取石术、前列腺电切术等方面有丰富的经验。
乳腺甲状腺外科：对乳腺和甲状腺疾病的诊断、综合治疗和微创手术有丰富的经验，擅长乳腺癌的保乳术、肿瘤整形手术、乳房重建术，以及甲状腺疾病的腔镜手术等。
妇产科
生殖医学中心：在不孕不育症的诊断和治疗方面具有很高的水平，擅长运用辅助生殖技术治疗各种不孕不育症，如试管婴儿技术、人工授精技术等。对复发性流产、多次辅助生殖技术失败、排卵功能障碍、子宫内膜异位症、卵巢功能减退等有独特的治疗方法和丰富的临床经验。
其他科室
口腔科：口腔修复科是重庆市特色修复专科，汇集多名口腔专家，集口腔修复医教研为一体。引进了CAD/CAM二氧化锆全瓷修复术、精密附着体技术等先进技术，为广大患者提供各种国际先进的口腔修复项目。
眼科：在白内障、青光眼、视网膜疾病、眼底病等的诊断和治疗方面具有较高的水平，开展了多种眼科手术，如白内障超声乳化术、青光眼手术、玻璃体切割术等。
耳鼻咽喉头颈外科：对耳鼻咽喉头颈外科疾病的诊断和治疗有丰富的经验，擅长鼻窦炎、中耳炎、咽喉肿瘤、头颈部肿瘤等疾病的手术治疗，以及睡眠呼吸暂停低通气综合征的综合治疗。
