氨基酸肥料的缺点主要包括以下几点：

1. 杂质问题 ：氨基酸原粉在生产过程中含有一定的杂质，如渣子等，这些杂质会影响肥料的质量和效果。

2. 氯化铵含量 ：由于生产过程中多使用盐酸，氨基酸肥料中一般含有12-14%的氯化铵，氯离子含量偏高，达到10%左右。这可能会对某些作物产生不利影响。

3. 持效期短 ：水溶性肥料中添加氨基酸成分虽然能更好地被植物吸收利用，但持效期较短，需要定期喷施。

4. 生产工艺落后 ：在中国，氨基酸肥料的生产工艺相对落后，能耗高，导致产品质量和成本无法满足市场需求，农民对其认知度不高。

5. 国家行业标准不健全 ：虽然我国制定了氨基酸肥料的执行标准，但对活性氨基酸、酸根离子、有害物质和其他添加剂的含量缺乏明确的规定，导致市场上氨基酸肥料的质量参差不齐，农民难以选择优质产品。

6. 气味问题 ：氨基酸肥料有气味，放久了容易有刺鼻的氨气，开封后需要尽快用完，尤其是用于经济价值较高的作物。

7. 使用不当 ：氨基酸水溶肥在滴灌施肥条件下如果配方不平衡，会影响作物生长，产生缺素症。不能直接用大水将肥料冲施至作物根部，以免养分分布不均。

氨基酸肥料在提高植物吸收利用率和品质方面具有优势，但也存在杂质多、氯离子含量高、持效期短、生产工艺落后、行业标准不健全、气味问题和使用不当等缺点。农民在选择和使用氨基酸肥料时，应注意这些问题，以充分发挥其肥效。