女性39岁停经是不正常的，可能是卵巢疾病引起的，也可能是早孕、药物因素及下丘脑及垂体病变或子宫疾病引起的。
1.卵巢疾病：早发性卵巢功能不全、多囊卵巢综合征、卵巢肿瘤等疾病可能引起40岁前的停经，可以通过查抗缪勒管激素、性激素、超声检查、CT或MRT等检查，了解卵巢功能、激素分泌的情况，确诊后可以在医师专业指导下进行治疗，可以口服药物，必要时也可以选择手术治疗。
2.早孕：39岁的女性停经也可能因为早孕引起的，需要通常尿妊娠试验、血HCG检查及超声检查来排除早孕的情况。
3.药物因素：若长期应用避孕药物、抗抑郁药物、化疗药物等，也可能引起药物性停经，一般停药后月经可恢复正常。
4.下丘脑及垂体病变：下丘脑及垂体的肿瘤可能引起激素分泌紊乱，也会引起停经，需要行头颅CT或MRI等检查，确诊后可以在医师指导下进行治疗。
5.子宫疾病：如子宫内膜损伤，宫腔粘连等疾病也会引起停经，可以通过宫腔镜，超声检查等辅助手段确诊，确诊后可以行药物或手术治疗。
总之，女性39岁停经是不正常的，需要及时到医院就诊，确诊后到医院接受专业诊疗，避免病情加重，造成严重后果。
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