棘阿米巴角膜炎是一种比较少见的角膜炎，也是一种比较严重的角膜炎，其治疗可以选择病灶区域的上皮刮除术或者用二咪类、联咪类的眼药水，咪唑类药物如咪康唑、强化新霉素都可以用来治疗棘阿米巴角膜炎。
棘阿米巴角膜炎病程比较长，一般得四个月以上，中途不能停药，如果中途停药可能病情会恶化、反复、延长疗程，造成阿米巴耐药不能治愈，用药应该直到感染控制、原虫被完全杀死。此外，激素类可能会导致病情恶化，应该禁止使用。
如果阿米巴原虫导致角膜的瘢痕、溃疡甚至穿孔，可以考虑进行角膜的全层移植。假如疾病扩散到巩膜，这时手术已经无效，所以预后不太好。
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