双侧基底节区梗塞患者的治疗主要包括抗血小板聚集，常用的药物有阿司匹林、氯吡格雷，调脂稳定斑块一般应用辛伐他汀、瑞舒伐他汀、阿托伐他汀钙片。同时要进行脑保护以及保护线粒体治疗，脑保护的药物主要有脑蛋白水解物、奥拉西坦、吡拉西坦、胞磷胆碱，保护线粒体的药物有丁苯酞。
同时要活血化瘀、改善血循环治疗，临床上常用的药物有舒血宁、银杏叶滴丸。如果患者有高血压病史，应积极地调控，一般应用长效药，常用的有氨氯地平、厄贝沙坦和坎地沙坦。
患者如果出现高血压时应积极降血压治疗，有糖尿病时应积极调控血糖使血糖达标。病情稳定后，躯体症状和体征严重时可以进行针灸、康复和理疗等。
