幽门螺杆菌原则上是能根除的。但是由于各种各样的原因，幽门螺杆菌的根除率在下降。下降的原因有：第一，抗生素的耐药率在提高。比如克拉霉素、替硝唑等，有些地区的耐药率可以达到40%~50%。所以应用这些药物时，幽门螺杆菌的根除率会下降。
第二，有些患者依从性不好。比如原则上可能是要求服药14天，患者可能服用了5、6天；或者因为药物的不良反应，患者吃1天药歇1天。漏服药物会导致幽门螺杆菌的根除率下降。
第三，应用药物不规范。比如PPI质子泵抑制剂药物有标准的剂量BID，1天2次的用法。有些患者可能1次就把药物服完了；或者没有根据药物的标准剂量进行治疗，而是根据说明书用药，导致药物剂量不够，从而导致根除率下降。
第四，药物质量的问题。药物质量包括患者选择的不是正规药物；可能是过期的药物；可能是回收药等。所以做药时制药企业注意药物质量。
如果在根除幽门螺杆菌的过程中持续几次根除不成功，建议患者做耐药基因的检测或者CYP2C19的基因状态的分型的检测。同时，在根除的过程中一定要遵从好的饮食、卫生习惯，比如分餐制、用公筷、勤洗手、及时更换牙刷等，对于治疗幽门螺杆菌，以及预防幽门螺杆菌家庭聚集、交叉感染有一定的好处。
