对于慢性乙肝，采取的治疗措施不同，所用的疗程是有差别的。通常治疗乙肝的抗病毒药物有两大类：一类是核苷类似物，每天口服；另外一类是干扰素，需要皮下注射。
核苷类似物的治疗，绝大多数要长期治疗，因为它只有实现表面抗原的阴转才能停药。如果表面抗原没有阴转，停药之后有些人会复发。
对于干扰素的治疗，本身它是可以提高表面抗原阴转的几率，有一部分人经过干扰素治疗，或者是联合核苷类似物的治疗，可以实现临床的治愈，也就是实现表面抗原的阴转。对于干扰素治疗，如果实现了表面抗原的阴转，通常在阴转之后还要巩固三个月到六个月的时间。每个人的疗程差别非常大，有些是应用一年的时间，有些是应用两年的时间，有些可能还要间断反复的应用干扰素。所以它的疗程是不固定的，但一般不会长期应用。
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