泌尿系感染的治疗疗程是根据不同类型来敲定的。第一类就是急性的尿路感染，常见的感染有急性的肾盂肾炎，这一类治疗的周期要长，一般建议10~14天的敏感的抗生素的治疗，治疗以后还要续贯治疗。急性的下尿路的感染比如急性的膀胱炎，一般疗程是7天左右，治疗完以后要做尿常规血象的检查，转阴以后建议患者再维持治疗几天。
第二类慢性的尿路感染，治疗的周期一般建议10~14天，10~14天治疗指标转阴之后，建议患者再配合生活方式和中医中药进行体质的调整，警惕感染的复发。
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