髓核物质发生变性以后，萎缩和脱水的过程达到高峰的时候，大约需要一到两周时间，臭氧治疗椎间盘突出症早期效果主要是通过杀灭神经根处的炎症和镇痛效果来起作用，后期效果主要是通过髓核物质的脱水、萎缩来起作用。臭氧来治疗椎间盘突出症达到稳定的临床效果需要两周以上时间，两周以上才能使得突出物完全的萎缩达到长期的髓核体积变小的效果。
臭氧可以氧化腰椎间盘突出的髓核物质使髓核物质萎缩从而解除对神经根的压迫，臭氧可以杀灭神经根处的炎性介质减轻炎性介质对神经根的刺激作用，臭氧本身有镇痛的效果，把臭氧注射在神经根的周围起到镇痛效果，臭氧是强氧化剂，注射到椎间盘的时候可以瞬间使髓核物质发生变性。
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