靶向治疗有副作用。靶向药物的副作用多数是和血管形成有一定的关系，例如会引起高血压；有些药物会引起皮肤方面的反应，例如皮疹、手足皮肤反应；一些药物会引起胃肠道的不良反应，例如恶心、呕吐、腹泻等；一些药物可能对肝功能造成损伤；有一些药物会引起骨髓方面的毒性，例如白细胞、血小板等血细胞减少；有一些靶向药物可能会引起病人代谢方面的紊乱，例如出现高血糖、高脂血症等。
任何药物基本上都有副作用，包括常用的中药。不同的靶向药物出现的不良反应不一样，而且靶向药物的不良反应出现的比例有个体差异。
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