肛乳头瘤手术现在是用电烧、八字缝扎切除的治疗方法，一般没有后遗症。因为只是把病理组织给去掉了，而生理组织正常组织几乎没有破坏，所以基本上是没有后遗症。但是术后可能在1周到10天之内，大便时候带点血，会感觉到轻微疼痛的术后症状。但是一般2~3周以后，就是在切除皮肤完全愈合了以后，症状就会完全消失，所以做肛乳头瘤手术用微创手术，不存在后遗症。
但是如果用其他方法可能会存在后遗症。尤其绝对不能用吻合器，尽量不要用腐蚀剂，方法都非常不好，可能会引起术后狭窄的后遗症。
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