肝功能的指标在肝硬化代偿期，大部分都是正常的。在肝硬化失代偿期，肝功能的指标会有一些很明显的改变。第一，黄疸指标。在肝硬化的时候，半数以上会有黄疸指标的改变，总胆和直接胆红素都会有升高。转氨酶的水平在肝硬化失代偿期升高的不明显，主要是以谷草转氨酶水平升高为主。尤其是在肝衰竭的阶段，代表肝细胞坏死比较严重。
第二，血清的胆碱酯酶。胆碱酯酶反映的是肝脏储备功能或者是肝脏的合成功能。在肝硬化失代偿期水平是下降的，和白蛋白的水平或者前白蛋白的水平几乎是平行的。水平下降代表肝脏破坏很厉害，预后很差。
第三，碱性磷酸酶。碱性磷酸酶和γ-GT通常叫做胆酶，反映胆汁淤积的情况。肝硬化时水平会增高，尤其在肝癌的时候会出现明显的增高。
第四，白蛋白的水平。肝硬化时，肝的合成功能下降，白蛋白生成降低，而且还会出现球蛋白水平的增高。所以会出现白球比例的倒置，是肝硬化失代偿期的一个很典型的生化标志。
通过以上肝脏的生化指标，可以对肝脏的损伤或者肝硬化的程度做初步的评判，再结合其他的一些影像学的检查做评估。
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