输尿管镜术后的并发症包括如下几个方面：一、输尿管黏膜损伤。这是最常见而最容易被忽视的术中并发症，容易发生的部位有，第一、输尿管口和输尿管膀胱壁内段。由于输尿管口和壁内段是成角的，在逆行插管的时候导管和导丝没有顺着输尿管进入，而是进入了黏膜下而造成损伤。第二、输尿管扭曲成角的部位。输尿管正常解剖性征上有几处狭窄、转角的地方，包括输尿管膀胱连接部、输尿管跨过髂血管处，由于结石、积水、嵌顿形成了输尿管上段的扭曲、成角。
二、输尿管穿孔。有文献报告，输尿管穿孔的发病率可以高达17%左右，平均发病率为5%。随着输尿管镜操作技术的熟练，输尿管穿孔发生率也在逐渐的降低。
三、输尿管取石以后通常会引起淡红色的尿液带血即出血，一般1~3天以后就会逐渐减轻，不需要进行特殊的处理。
四、发热。大部分表现为低热，部分术前合并尿路感染又由于术中灌注导致反流性的感染，患者术后有可能出现高热。
五、输尿管狭窄。为远期的并发症，轻柔的操作、预防损伤和感染是最有效的预防方法。
