江苏南通社保基数5000的情况下，公司需要承担的费用大约在1500元左右，具体金额取决于各项社保的缴费比例。以下是详细的费用构成和解释：

1. 1.养老保险：养老保险是社保的重要组成部分，通常由公司和个人共同缴纳。在江苏南通，养老保险的缴费比例为公司16%，个人8%。如果社保基数为5000元，公司每月需要为每位员工缴纳的养老保险费用为5000元×16%=800元。
2. 2.医疗保险：医疗保险同样由公司和个人共同承担，南通的缴费比例通常为公司8%，个人2%。公司每月需要为员工缴纳的医疗保险费用为5000元×8%=400元。
3. 3.失业保险：失业保险的缴费比例相对较低，通常由公司和个人共同缴纳，总比例约为1%，其中公司承担0.5%，个人承担0.5%。公司每月需要为员工缴纳的失业保险费用为5000元×0.5%=25元。
4. 4.工伤保险：工伤保险完全由公司承担，缴费比例根据行业风险等级有所不同，一般在0.2%到1.9%之间。假设工伤保险的缴费比例为0.5%，则公司每月需要为员工缴纳的工伤保险费用为5000元×0.5%=25元。
5. 5.生育保险：生育保险的费用也由公司全额承担，缴费比例通常为0.8%。公司每月需要为员工缴纳的生育保险费用为5000元×0.8%=40元。
6. 6.住房公积金：住房公积金的缴费比例由公司和个人共同承担，通常为各12%。如果按照最低缴费基数计算，公司每月需要为员工缴纳的住房公积金费用为5000元×12%=600元。

在江苏南通，社保基数为5000元的情况下，公司每月需要承担的总费用大约为800元（养老保险） + 400元（医疗保险） + 25元（失业保险） + 25元（工伤保险） + 40元（生育保险） + 600元（住房公积金） = 1890元。具体金额可能会根据当地政策和公司实际情况有所调整。

总结：在江苏南通，社保基数为5000元时，公司需要承担的费用大约在1500元到1900元之间，具体取决于各项社保的缴费比例和住房公积金的缴纳情况。了解这些费用构成，有助于企业和员工更好地规划财务和福利。