全国看肾病最好的医院排名中，​​北京大学第一医院、中国医学科学院北京协和医院、南方医科大学南方医院凭借顶尖的科研实力、疑难病例诊治能力和领先技术稳居前列​​，其他如中国人民解放军总医院、东部战区总医院等也在肾移植、中西医结合治疗等领域各有特色。

北京大学第一医院连续多年位列复旦版专科声誉榜首，尤其擅长重症患者的个体化治疗，在急性肾损伤和疑难肾小球病诊疗上具备国际水准。中国医学科学院北京协和医院作为国内最早的肾脏病专科之一，复杂病例诊治能力突出，尤其在继发性肾病（如糖尿病肾病、狼疮肾炎）的研究上成果显著。南方医科大学南方医院以急慢性肾衰的发病机制研究和并发症防治为特色，肾脏替代治疗技术成熟，是国家肾脏病临床医学研究中心核心单位。

除此之外，中国人民解放军总医院（301医院）拥有全军规模最大的肾脏病诊疗中心，IgA肾病分型治疗及肾移植技术领先，同时承担国家级质控工作。东部战区总医院被誉为“中国肾脏病的梅奥诊所”，IgA肾病临床分型及中西医结合治疗优势显著。浙江大学医学院附属第一医院在难治性肾病的新型免疫抑制剂应用上技术成熟，复旦大学附属中山医院的血液净化技术则在国内首创，危重肾病抢救成功率高。

患者选择医院时，需结合自身病情及医院优势领域，例如疑难重症可优先考虑北京协和医院或北京大学第一医院，肾移植需求则推荐301医院或东部战区总医院。上海交通大学医学院附属瑞金医院、中山大学附属第一医院等在慢性肾病管理及国际学术合作方面同样表现突出，可按需选择。