广西来宾社保基数5900和5000的核心区别在于缴费金额和未来待遇：基数5900时，单位和个人缴纳的社保费用更高，但退休金、医保报销等福利待遇也更优厚；基数5000则缴费压力较小，但相应待遇水平较低。

1. 缴费金额差异
   基数5900时，养老、医疗等险种的缴费额均按5900为基准计算，例如养老保险单位缴纳16%（944元）、个人缴纳8%（472元）；基数5000则单位缴800元、个人缴400元。两者每月相差约216元（个人部分）和144元（单位部分）。

2. 养老金待遇影响
   社保基数直接影响养老金计算。基数5900缴费的职工，退休后个人账户累计更多，基础养老金按更高标准发放，长期来看比基数5000的退休金高出约15%-20%。

3. 医保报销差异
   基数5900的医保个人账户每月划入金额更多（如按3%比例划入则为177元 vs 150元），且部分地区对高基数缴费者提供更高的住院报销比例或年度限额。

4. 其他险种关联
   失业、工伤等险种的待遇与缴费基数挂钩，例如失业金通常按缴费基数的50%-80%发放，基数5900者可领取更高补偿。

选择建议：若经济条件允许，优先选择较高基数以提升长期福利；短期预算紧张则可选低基数，但需权衡未来待遇差距。灵活就业人员可参考自身健康与养老需求决策。