广西贵港社保基数16400元和5000元的区别主要体现在以下方面：

缴费金额差异

• 16400元基数：以灵活就业人员身份参保时，养老保险的个人缴费比例为20%，则每月需缴纳16400×20%=3280元。医疗保险个人按缴费基数的9%全额缴纳，月缴费标准为16400×9%=1476元。
• 5000元基数：缴费基数下限为4053.6元/月，灵活就业人员养老保险个人缴费比例为20%，则每月需缴纳4053.6×20%=810.72元。医疗保险个人按缴费基数的9%全额缴纳，月缴费标准为4053.6×9%=364.82元。

待遇水平差异

• 16400元基数：较高的缴费基数意味着更高的累计缴费金额，未来退休时养老金水平也会更高。具体养老金金额取决于缴费年限、个人账户余额等因素。
• 5000元基数：较低的缴费基数导致未来养老金水平较低，可能无法满足退休后的基本生活需求。

个人和企业负担差异

• 16400元基数：每月从工资中扣除的社保费用也越多，这可能会对个人可支配收入产生一定影响。高基数也意味着未来能够享受更高的社保待遇。
• 5000元基数：个人缴费压力较小，但退休后养老金水平较低，可能需要依赖其他经济来源。

总的来说，选择社保基数时需综合考虑当前经济状况和未来保障需求。16400元基数适合收入较高、追求更优养老金待遇的人群，而5000元基数则更适合收入较低、缴费压力较小的群体。