广西贵港社保基数为16400元时，每月扣税金额主要取决于个人社保缴费比例、专项扣除以及其他可能的税收优惠政策。具体扣税金额需要根据个人实际情况进行详细计算，但可以参考以下步骤和要点进行估算：
社保缴费比例
- 养老保险：个人缴费比例为8%，即16400元×8%=1312元。
- 医疗保险：个人缴费比例为2%，即16400元×2%=328元。
- 失业保险：个人缴费比例为0.5%，即16400元×0.5%=82元。
- 工伤保险和生育保险：个人通常不需缴纳。
- 住房公积金：个人缴费比例一般为5%-12%，假设为8%，即16400元×8%=1312元。
应纳税所得额计算
首先计算应纳税所得额：月收入-五险一金-专项扣除-免征额（5000元）。假设没有其他专项扣除，应纳税所得额=16400元-(1312元+328元+82元+1312元)-5000元=8366元。
个人所得税计算
根据现行个人所得税税率表，8366元应纳税所得额适用的税率为10%，速算扣除数为210元。应缴个人所得税=8366元×10%-210元=626.6元。
其他可能的税收优惠
如果个人有子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除，应纳税所得额会进一步减少，从而降低个人所得税。例如，假设有1000元的专项附加扣除，应纳税所得额将变为7366元，相应的个人所得税为7366元×10%-210元=526.6元。
请注意，以上计算仅供参考，实际扣税金额可能会因个人实际情况和当地政策有所不同。建议咨询当地税务部门或相关机构以获取最准确的信息。
