医保结算差额是指医院应收医疗款与医保实际结算金额之间的差异，需通过“事业收入—医疗收入—结算差额”科目核算，具体处理需结合权责发生制原则调整账务，并区分管理不善导致的拒付（计入坏账准备）与正常结算差异。

1. 会计科目与账务处理
   差额通过“事业收入—医疗收入—结算差额”科目反映，实际结算时按收到的金额借记“银行存款”，医保拒付部分借记“坏账准备”，应收款项贷记“应收账款”，差额部分借记或贷记结算差额科目。例如，若应收100万元，实际收到95万元且1万元为拒付，则结算差额为4万元（需冲减收入）。

2. 跨年调整与税务处理
   若涉及跨年调整，需通过“以前年度损益调整”科目重新确认收入与成本，并同步调整增值税、企业所得税及附加税费。例如补缴税款时需逐期调整应交税费科目，最终结转至未分配利润。

3. 权责发生制与估算原则
   医院可根据医保结算周期合理估算当期差额，待最终结算后调整账目。例如分批结算时，需按阶段预估差额，确保收入确认的准确性。

4. 异地结算与政策差异
   异地就医时，结算差额可能因参保地报销政策（如起付线、比例）不同而产生，需按参保地标准计算可报销部分，扣除自付金额后完成结算。

医保结算差额需严格区分正常差异与违规拒付，通过规范科目核算并遵循权责发生制，确保账务清晰合规，跨年或异地场景需额外注意政策衔接与税务调整。