根据河南省洛阳市的社保基数和现行税法规定，工资5900元在扣除五险一金后的应纳税所得额及个税计算如下：

一、基本计算（未扣除五险一金）

1. 应纳税所得额

   洛阳市社保基数为5900元，起征点为5000元，因此应纳税所得额为：
   $$5900 - 5000 = 900 \text{元}$$

   （注：若存在专项附加扣除，需进一步扣除）

2. 应交个税

   根据七级超额累进税率，900元对应的税率为10%，速算扣除数为210元： $$900 \times 10% - 210 = -120 \text{元}$$

   由于结果为负数，实际无需缴纳个税

二、扣除五险一金后的情况

若工资中已扣除五险一金，需用实际到手工资（即5900元）减去五险一金后再计算：

1. 应纳税所得额 $$5900 - \text{五险一金金额}$$

   （需确保扣除后应纳税所得额不低于0元）

2. 应交个税

   • 若扣除后应纳税所得额≤900元，仍适用10%税率和210元速算扣除数；

   • 若扣除后应纳税所得额>900元，需按新税率表计算

三、注意事项

1. 专项附加扣除

   若存在子女教育、住房贷款利息等专项附加扣除，需在应纳税所得额中进一步扣除；

2. 五险一金比例

   五险一金（含社保和公积金）的扣除标准通常为工资的8%，需以实际缴纳金额为准；

3. 月度汇算清缴

   实际个税以年度汇算清缴结果为准，可能存在预扣预缴与最终纳税额的差异

建议结合自身实际情况，通过官方渠道确认五险一金扣除金额后再做最终计算。