福建漳州社保基数为12900和5000的主要区别在于缴费金额、待遇水平以及个人和企业的负担不同。 社保基数是计算社保缴费的重要依据，基数越高，缴费越多，相应的待遇也越高。以下是具体的区别：

1. 1.缴费金额不同：基数12900：以12900作为社保缴费基数，单位和个人需要缴纳的社保费用都会相应增加。例如，养老保险个人缴费比例为8%，则个人每月需缴纳1032元；单位缴费比例通常为16%，则单位每月需缴纳2064元。基数5000：以5000作为社保缴费基数，缴费金额则大幅减少。个人每月需缴纳400元，单位需缴纳800元。可以看出，基数的高低直接影响每月需缴纳的社保费用。
2. 2.待遇水平不同：基数12900：由于缴费基数高，退休后领取的养老金、医疗保险报销比例以及失业、工伤等保险的待遇也会相应提高。例如，养老金计算公式中，缴费基数是重要参数，基数越高，养老金越多。基数5000：缴费基数低，相应的待遇也会较低。退休后领取的养老金、医疗保险报销比例等都会低于高基数的情况。
3. 3.个人和企业负担不同：基数12900：对于个人来说，每月需缴纳的社保费用较高，可能会对个人现金流产生一定压力。对于企业来说，社保成本增加，可能会影响企业的整体运营成本。基数5000：个人缴费金额较低，对个人现金流的影响较小。企业承担的社保费用也较低，有助于降低企业的运营成本。
4. 4.灵活就业人员的影响：基数12900：对于灵活就业人员来说，选择高基数意味着更高的缴费压力，但同时也意味着更高的保障水平。基数5000：选择低基数可以减轻缴费压力，但保障水平相对较低。灵活就业人员需要根据自身经济状况和保障需求进行选择。
5. 5.未来保障的差异：基数12900：高基数缴费意味着未来在养老、医疗等方面的保障水平更高，能够更好地应对生活中的各种风险。基数5000：低基数缴费虽然当前负担较轻，但未来保障水平相对较低，可能需要通过其他方式补充保障。

福建漳州社保基数12900和5000的区别主要体现在缴费金额、待遇水平以及个人和企业的负担上。选择合适的社保基数需要综合考虑个人的经济状况和未来的保障需求。高基数缴费虽然当前负担较重，但能够提供更高的保障水平；低基数缴费则可以减轻当前的经济压力，但未来保障相对较低。