‌福建三明社保基数12400元和5000元的主要区别在于缴费金额、待遇水平和适用人群‌。基数越高，每月缴纳的社保费用越多，但未来可享受的养老金、医疗报销等福利也更高；基数5000元则缴费压力较小，适合收入较低或灵活就业人员。

1. ‌缴费金额差异‌
   按12400元基数计算，单位与个人每月社保总缴费约为基数24%-28%（具体比例因险种而异），需缴纳约2976-3472元；而基数5000元的总缴费约为1200-1400元。个人承担部分直接影响每月到手工资。

2. ‌养老金待遇差别‌
   养老金计算与缴费基数挂钩，基数12400元退休后每月领取的金额显著高于5000元。例如，缴费年限相同情况下，前者可能比后者多领60%-100%的养老金。

3. ‌医保报销影响‌
   高基数对应更高的医保个人账户划入金额，12400元基数每月医保卡到账约248元（按2%比例），5000元基数仅100元。住院报销比例虽相同，但高基数者的报销封顶线更高。

4. ‌适用人群建议‌
   12400元更适合收入稳定、追求高福利的企业职工；5000元适合预算有限或灵活就业者，但需权衡长期保障水平。企业若按低基数为员工缴费可能面临合规风险。

‌总结‌：选择社保基数需结合收入与未来需求，高基数“多缴多得”，低基数减轻短期负担但待遇有限。建议根据实际收入合规参保，避免因低缴影响权益。