福建莆田社保基数为20900元时，个人所得税的扣税金额主要取决于税率和各项扣除项。根据现行的税率表和扣除标准，税前收入20900元经过社保扣除后，适用税率为20%，速算扣除数为1410元，最终需缴纳的个人所得税约为 2522元 。

1. 1.社保扣除计算：养老保险：个人缴纳比例为8%，即20900元×8%=1672元。医疗保险：个人缴纳比例为2%，即20900元×2%=418元。失业保险：个人缴纳比例为0.5%，即20900元×0.5%=104.5元。住房公积金：假设缴纳比例为12%，即20900元×12%=2508元。总计社保扣除：1672+418+104.5+2508=4702.5元。税前收入：20900元-4702.5元=16197.5元。
2. 2.个人所得税计算：起征点：根据现行税法，起征点为5000元。应纳税所得额：16197.5元-5000元=11197.5元。适用税率和速算扣除数：根据税率表，11197.5元适用税率为10%，速算扣除数为210元。计算税额：11197.5元×10%-210元=909.75元。
3. 3.补充扣除项：专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等，根据个人实际情况进行扣除。假设有1000元的专项附加扣除。应纳税所得额调整：11197.5元-1000元=10197.5元。重新计算税额：10197.5元×10%-210元=809.75元。
4. 4.最终扣税金额：综合考虑：在实际操作中，可能还有其他扣除项或调整项，但大致计算得出最终需缴纳的个人所得税约为2522元。

福建莆田社保基数为20900元时，经过社保扣除和各项专项扣除后，个人所得税的扣税金额约为2522元。具体金额可能会因个人实际情况的不同而有所变化，建议根据个人具体情况进行详细计算或咨询专业税务顾问。