根据相关法律法规和搜索结果，住院期间公司停缴医保的处理方式如下：

一、医保断缴的合法性判断

1. 职工医保

   • 若公司擅自停缴职工医保，属于违法行为。根据《中华人民共和国社会保险法》，用人单位在职工病假期间不得停缴社保，否则可能面临行政处罚。

   • 若因单位原因导致停缴，可要求单位补缴或向劳动监察部门投诉。

2. 城乡居民医保

   • 城乡居民医保允许在不停缴的情况下由其他单位缴费，但需注意两种医保不能同时享受。

二、医疗费用报销处理

1. 停保期间费用

   • 职工医保停保期间产生的医疗费用通常无法报销，因医保断缴后医疗费用需由个人承担。

   • 部分地区可能设有30天左右的“缓冲期”，但具体政策需咨询当地社保部门。

2. 补缴与报销

   • 若停保时间较短且单位补缴，可要求恢复医保后按流程报销。

   • 若超过3个月未补缴，医保年限将重新计算，个人需承担全部医疗费用。

三、维权建议

1. 收集证据

   • 保留住院病历、医疗费用发票、工资条等材料，证明医保停缴与医疗费用的关联性。

2. 与公司协商

   • 要求公司立即恢复医保缴纳，并赔偿因停缴造成的医疗费用损失。

3. 投诉与仲裁

   • 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位承担法律责任。

   • 依据《劳动法》，公司不得以病假为由解除劳动合同或停缴社保，否则可能面临赔偿。

四、注意事项

• 医保断缴影响 ：长期停缴可能导致医疗费用自费比例大幅增加，建议尽早恢复参保。

• 地区政策差异 ：具体补缴流程和年限可能因地区政策不同存在差异，建议咨询当地社保机构。

通过以上步骤，您可以有效维护自身权益，确保医疗保障不中断。