在安徽亳州，社保基数 12900 和 5000 存在多方面显著区别。缴费金额上，基数 12900 时个人与单位缴纳金额远高于 5000 基数；养老金待遇方面，12900 基数缴纳者退休后领取的养老金会更高；医疗报销上，12900 基数对应的医疗账户每月划入金额更多，且在部分地区可能影响报销比例与限额。具体如下：

1. 缴费金额不同：社保包含养老、医疗、失业、工伤和生育保险（部分地区生育和医疗合并）。以常见缴费比例为例，养老保险个人缴纳 8%，单位缴纳 16%；医疗保险个人缴纳 2%，单位缴纳 8%；失业保险个人缴纳 0.5%，单位缴纳 0.5% 。当基数为 5000 元时，每月个人养老保险缴费为 5000×8%=400 元，单位缴纳 5000×16% =800 元；基数为 12900 元时，个人养老保险缴费 12900×8% =1032 元，单位缴纳 12900×16%=2064 元 。同样方法计算其他险种，12900 基数下整体社保缴费个人与单位承担金额都比 5000 基数时高很多。
2. 养老金待遇不同：养老金遵循 “多缴多得、长缴多得” 原则。基础养老金 =（全省上年度在岗职工月平均工资 + 本人指数化月平均缴费工资）÷2× 缴费年限 ×1% ，个人账户养老金 = 个人账户储存额 ÷ 计发月数 。12900 基数缴费，个人账户储存额积累多，本人指数化月平均缴费工资也高，在相同缴费年限下，退休后计算得出的基础养老金和个人账户养老金都会比按 5000 基数缴费的人高，最终每月领取的养老金数额差距明显。
3. 医疗待遇有差异：一方面，医保个人账户每月划入金额与缴费基数有关。通常，基数越高，划入个人账户金额越多。如某地规定，35 岁以下，按缴费基数 2.5% 划入个人账户，基数 5000 元时，每月划入 5000×2.5% =125 元；基数 12900 元时，每月划入 12900×2.5%=322.5 元 ，这意味着更高基数缴费者可用于门诊看病、购药的个人账户资金更充裕。另一方面，在部分地区，较高社保基数可能影响医保报销比例和限额，12900 基数参保人可能享受更高报销比例或更高报销限额，在大病治疗等情况下报销费用更多。

安徽亳州社保基数 12900 和 5000 在缴费、养老待遇、医疗待遇等方面差异明显。选择时需结合自身经济状况、未来养老预期等综合考量 。